农村物流存在的主要问题是：农村经济发展总体水平偏低，农村物流发展缓慢。农产品的易腐性和季节性使农村物流管理难度大。农村生产组织化程度低，物流需求分散，缺乏物流供给能力。物流基础设施、物流技术和设备落后，物流运营成本高。物流政策不到位，物流运作不规范，物流交易成本高。针对以上农村物流存在的主要问题，应从以下方面着手发展农村物流。
 就农户企业而言，大力创新农业生产组织，以土地产权改革为基础，重组各种产权形式，扩大生产规模和经营实力，加强企业物流成本核算，改变对物流成本的模糊认识，制定企业物流战略。创新物流运作模式，综合利用物流信息流和资金流；注重物流技术的开发和利用；引进和培养物流人才，学习物流知识。
区域层面，科学规划农村区域物流，统筹城乡物流发展、农村农业物流和工业物流，增强商品交易市场功能，加强区域信息平台建设，提高对农村物流的金融支持力度，制定区域物流政策，鼓励和支持企业物流建设，发展第三方物流，加强区域物流管理，加强物流技术的交流与合作。
宏观层面，统筹城乡、区域间的物流系统规划；加强物流基地和物流园区的布局和建设；推进农村改革，减免农业税。引导农村绿色物流发展，注重物流研究和物流技术开发，积极开展与其他地区在物流管理、物流技术和物流人才领域的合作与交流。